وعاشت هذه الحيتان منذ أكثر من 42 مليون عام، في عصر الأيوسين، إلى جانب متحجرات أخرى لحيتان وقروش وكائنات بحرية وزواحف عاشت في تلك البقعة منذ ملايين السنين، فضلًا عن النباتات المتحجرة والطبيعة البيئية التي يتميز بها الوادي من تلال رملية ونتوءات صخرية ذات أشكال متنوعة.
المتحف يقع في محافظة الفيوم في قلب صحراء مصر الغربيّة، عندما كان الوادي يقع في بحر “التيثي” القديم، ويعد “وادي الحيتان” جزء من محمية أكبر “وادي الريان”، التي تبعد 150كم عن القاهرة وتغطي مساحة قدرها 1759كم مربع.. وتم تصنيف الوادي منذ أكثر من 20 عامًا كمنطقة تراث عالمي.
وتُشير التفسيرات العلمية إلى أن تلك المنطقة التي تم اكتشاف الحفريات بها عام 1903م كانت في الماضي البعيد جزءًا من محيط ضخم، وبسبب التغيرات المناخية انحسر المحيط للخلف وترك وراءه هذا العدد الكبير من الحيوانات البحرية ومن بينها الحيتان والأصداف وأسماك القرش وغيرها من الحيوانات البحرية وبقايا لنباتات المانجروف المتحجرة.
